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Progettato e costruito dai Borbone nel 1738 come reggia-museo. Nucleo essenziale delle raccolte, la collezione Farnese, contava alla fine del settecento oltre 1700 dipinti, insieme ad una selezione di arti decorative altrettanto imponente e inestimabile. Espone capolavori di Masaccio, Botticelli, Perugino, Bellini, Tiziano, Parmigianino, Bruegel, Carracci, Guido Reni, Carvaggio, Giordano.
Nel corso dell'ottocento il Museo si arricchì di altre importanti sezioni: oltre le collezioni borboniche, dipinti e oggetti preziosi provenienti da monasteri soppressi, da donazioni reali e di privati e da successive acquisizioni; e ancora i capolavori del cardinale Borgia, acquistati da Ferdinando I di Borbone nel 1817, antichità egizie, etrusche, volsce, greche, romane, tra cui il famoso Globo celeste.